Die Stiftung Sternwies untersteht der BVG- und Stiftungsaufsicht des Kantons Zürich (BVS).
Der Stiftungsrat der Sternwies – Stiftung für Wohnen und Arbeiten ist das oberste Organ der Stiftung. Damit obliegen dem Stiftungsrat die Festlegung der Organisation, die Erteilung der nötigen Weisungen sowie die Ernennung und Abberufung der mit der Geschäftsführung betrauten Personen.
Für die operative Geschäftsführung ist die vom Stiftungsrat angestellte Person verantwortlich. Als Bindeglied zwischen der Geschäftsführung und dem Stiftungsrat besteht eine Betriebskommission. Diese setzt sich aus der mit der Geschäftsführung beauftragten Person sowie zwei Mitgliedern des Stiftungsrates zusammen.
Der Leiter Controlling der Clienia Schlössli AG / Stv. CFO, Michael Achermann, nimmt an den Sitzungen der Betriebskommission und des Stiftungsrates mit beratender Stimme teil.